Novembre 30, 2020
Per Indymedia Barcelona
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El origen del coronavirus del s铆ndrome respiratorio agudo severo 2 (SARS-CoV-2), el agente de la enfermedad por coronavirus 2019 (COVID-19), es controvertido. La pandemia de la COVID-19 no solo tiene efectos dram谩ticos sobre las personas, sino que tambi茅n produce efectos irreversibles en la sociedad, por ejemplo, en la econom铆a, en la pol铆tica, en las relaciones personales. De repente, el coronavirus lleg贸 y nadie sabe de d贸nde. Lo que es verdad que ha llegado para quedarse. Establecer el origen del SARS-CoV-2 es un reto, el cual est谩 ligado al origen de otros coronavirus relacionados. En el presente trabajo se ha abordado este reto mediante una aproximaci贸n bioinform谩tica. El objetivo es intentar encajar las piezas del rompecabezas. La fuente de informaci贸n ha sido las bases de datos del Centro Nacional de Informaci贸n Biotecnol贸gica (NCBI) (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/) y la metodolog铆a se ha basado en los recursos bioinform谩ticos del propio NCBI y del Laboratorio Europeo de Biolog铆a Molecular ( EMBL) (https://www.embl.de/). En el esp铆ritu del trabajo, ha estado siempre la reproducibilidad de los resultados, y mantener un debate sobre el origen del SARS-CoV-2.

驴Qu茅 es lo aportado de nuevo con respecto al conocimiento previo?

Los resultados revelan la presencia de unos marcadores gen茅ticos (fingerprints) en las secuencias de los genomas de los coronavirus relacionados con la COVID-19 y establecen una relaciones filogen茅ticas, que no se han sido descritas hasta la fecha:

鈥 Primero, utilizando la herramienta de b煤squeda de alineaci贸n local b谩sica (Basic Local Alignment Search Tool, BLAST) (https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi) del NCBI, se identificaron claramente tres marcadores gen茅ticos en las secuencias de los genomas de coronavirus relacionados con la COVID-19 (Tabla 1): (i) al inicio del genoma, tambi茅n en el inicio del gen Orf1ab de la replicasa de ARN, donde se codifica el Macrodominio N-terminal (m贸dulo de uni贸n de ATP); (ii) en el gen S, donde se codifica el dominio N-terminal y en el dominio de uni贸n al receptor (RBD) de la glicoprote铆na de pico (en adelante en ingl茅s spike glycoprotein) (la spike glycoprotein es una prote铆na de membrana, en la membrana exterior del coronavirus, representada mediante tri谩ngulos azules sobre la superficie (tan familiar en nuestros d铆as), que al sobresalir, da un aspecto de corona; de aqu铆 el nombre de 鈥渃oronavirus鈥); y (iii) al final del genoma, el propio gen NS8. Las secuencias de los coronavirus Bat SARS like (Bat-SL-CoV) (muestras ZXC21 y ZC45, n煤meros de acceso de la base de datos GenBank MG772934.1 y MG772933.1, respectivamente) fueron las 煤nicas secuencias naturales de ADN que coincidieron perfectamente (match perfecto) con los marcadores de los genes Orf1ab y NS8. Por otro lado, el marcador del gen S no present贸 ninguna coincidencia (match) con ninguna otra secuencia natural de ADN.

鈥 Segundo, el an谩lisis filogen茅tico basado en las secuencias de genomas completos mostr贸 que los coronavirus Bat-SL-CoV (ZXC21 y ZC45), Pangolin-CoV (muestra MP789, GenBank MT121216.1), BatCoV-RaTG13 (GenBank MN996532.1) y SARS -CoV-2 eran ort贸logos. Es decir, se originaron a partir de un ancestro com煤n, y se separaron entre s铆 mediante psoteriores eventos de especiaci贸n.

Es importante remarcar que no todos los coronavirus de pangol铆n se comportaron igual. Solo el coronavirus Panglolin-CoV (MP789) pertenece a este grupo de ort贸logos. Otros coronavirus de pangol铆n estaban m谩s distanciados filogen茅ticamente, consistentemente (soporte bootstrap 1000),
se agruparon en otra rama del 谩rbol filogen茅tico (Figura 1).

鈥 Tercero, el an谩lisis filogen茅tico basado en secuencias de la spike glycoprotein (concretamente, desde el dominio N-terminal hasta el RBD, inclusive) mostr贸 un patr贸n diferente. Las secuencias de BatCoV-RaTG13 y SARS-CoV-2 divergieron significativamente (soporte bootstrap 1000) de las secuencias de Bat-SL-CoV (ZXC21 y ZC45) y Pangolin-CoV (MP789). Adem谩s, los dos 煤ltimas se agruparon consistentemente (soporte bootstrap 1000) con otras secuencias de murci茅lagos. En este an谩lisis filogen茅tico, los otros coronavirus de pangol铆n tambi茅n se agruparon consistentemente (soporte bootstrap 1000) en otra rama del 谩rbol (cluster) (Figura 2).

驴C贸mo y cu谩ndo apareci贸 el coronavirus de murci茅lago BatCoV-RaTG13?

El coronavirus BatCoV-RaTG13 se considera, de forma muy probable, que sea el progenitor directo del SARSCoV- 2 (1). Nuestros resultados tambi茅n mostraron la estrecha relaci贸n filogen茅tica entre ambas especies, sin embargo, 驴qu茅 es lo que sabemos de este coronavirus de murci茅lago? El genoma de BatCoV-RaTG13 fue identificado y secuenciado por Zheng-Li Shi y colaboradores, 2020 (1), en el marco del estudio de un “nuevo coronavirus”, que provoc贸 la epidemia de s铆ndrome respiratorio agudo en humanos en Wuhan, China (diciembre de 2019). Literalmente de (1): Descubrimos que una regi贸n corta de ARN polimerasa dependiente de ARN (RdRp) de un coronavirus de murci茅lago (BatCoV RaTG13), que se detect贸 previamente en Rhinolophus affinis de la provincia de Yunnan, mostr贸 una alta identidad de secuencia con 2019-nCoV (SARSCoV-
2). Entonces, Zheng-Li Shi y colaboradores, 2020 (1), llevaron a cabo la secuenciaci贸n completa de los dos genomas de BatCoV-RaTG13 y SARS-CoV-2, encontrando una identidad de secuencia gen贸mica entre ambos de 96,2%. La secuencia completa del genoma BatCoV-RaTG13 fue sometida e introducida a GenBank por Z.-L. Shi y colaboradores el 27 de enero de 2020. En la ficha de BatCoV-RaTG13 GenBank (MN996532.1), aparece como fuente, muestra fecal; como huesped, Rhinolophus affinis; como pa铆s, China; y como fecha de recogida de la muestra, 24-jul-2013. Es decir, el coronavirus BatCoV RaTG13 fue aislado de una muestra fecal de murci茅lago en Yunnan en 2013, a帽os antes de que se identificara por primera vez el SARS-CoV-2 y del inicio de la pandemia.

鈥淪pike glycoprotein鈥 de BatCoV-RaTG13: una incongruencia filogen茅tica

En relaci贸n a la divergencia de BatCoV-RaTG13 y SARS-CoV-2 en la filogenia basada en las spike glicoproteins (Figura 1 y Figura 2), cabe mencionar que la regi贸n RBD se considera como la regi贸n m谩s variable de los genomas del coronavirus (2). Sin embargo, como se muestra en el multialineamiento (Figura 3), la regi贸n del dominio N-terminal y del RBD est谩 altamente conservada y muchos residuos de amino谩cidos est谩n estrictamente conservados. De modo que, de acuerdo con la teor铆a de Motoo Kimura (3) sobre evoluci贸n molecular, en esta regi贸n tan cr铆tica de los genomas del coronavirus, el equilibrio entre la deriva aleatoria y las constricciones funcionales debe haber estado muy comprometido, a lo largo de la evoluci贸n. No obstante, la sipke glicoprote铆na de SARS-CoV-2 se ha optimizado mucho para unirse al receptor humano ACE2 (2,4). 隆Por supuesto que s铆! Es precisamente a trav茅s del RBD que el coronavirus se adhiere a la membrana celular e interact煤a con el receptor del hu茅sped, iniciando la infecci贸n (4,5).

No obstante, 驴qu茅 evento evolutivo podr铆a explicar esta extraordinaria optimizaci贸n de la spike glycoprotein del SARS-CoV-2 para la infecci贸n humana, y tambi茅n la incongruencia filogen茅tica? Desde una perspectiva de evoluci贸n molecular, asumiendo que BatCoV-RaTG13 sea el progenitor directo del SARS-CoV-2, debemos situar este evento evolutivo en el genoma de BatCoV-RaTG13. Se podr铆a considerar un evento de recombinaci贸n entre BatCoV-RaTG13 y otros coronavirus, o una transferencia horizontal g茅nica que reemplaza regiones variables en el gen S de BatCoV-RaTG13 (6,7). Pero, ya sea tanto en una recombinaci贸n o en una transferencia horizontal, siempre hay un 鈥渄onador鈥 del ADN que se recombina o se transfiere. En el presente estudio, no hemos podido identificar a ning煤n 鈥渄onador鈥 analizando la colecci贸n completa de nucle贸tidos del NCBI. Este razonamiento est谩 de acuerdo con Zheng-Li Shi y colaboradores, 2020 (1), literalmente de (1): Usando multialineamientos de secuencias del genoma de 2019-nCoV, RaTG13, SARS-CoV y SARSr-CoV de murci茅lago reportados anteriormente, no se detectaron evidencias de eventos de recombinaci贸n en el genoma de 2019-nCoV (SARS-CoV-2).

El misterio del sitio de escisi贸n de furina en la 鈥渟pike glycoprotein鈥 de SARS-CoV-2

En la secuencia de la spike glycoprotein de SARS-CoV-2 hay una peque帽a inserci贸n de cuatro amino谩cidos, que no est谩 en la de BatCoV-RaTG13. Esta peque帽a inserci贸n es responsable de la alta patogenicidad de la COVID-19. Esta inserci贸n se conoce como 鈥渟itio polib谩sico de escisi贸n de furina鈥 (en adelante en ingl茅s furin site). Es polib谩sico porque contiene amino谩cidos b谩sicos y es una peque帽a regi贸n de la prote铆na que interacciona con la 鈥渇urina鈥, otra prote铆na de membrana de las c茅lulas humana (una proteasa), que favorece enormemente la infecci贸n del SARS-CoV-2.

Por otro lado, BatCoV-RaTG13 y SARS-CoV-2 tambi茅n comparten otras tres peque帽as inserciones en el dominio N-terminal de la prote铆na (Figura 3). Dado que coronavirus de murci茅lago BatCoV-RaTG13 se aisl贸 en 2013, es poco probable que tanto el ambos coronavirus hayan adquirido identicas inserciones en tres sitios distintos de la prote铆na (8). El hecho de compartir estas tres inserciones, apoya la hip贸tesis de que BatCoV-RaTG13 sea precursor de SARS-CoV-2. Se considera que el SARS-CoV-2 surgi贸 directamente del murci茅lago al ser humano (1). Entonces, 驴cu谩ndo ocurri贸 la inserci贸n del furin site? Debe haber ocurrido en el hu茅sped o durante la transmisi贸n por recombinaci贸n, pero, no se han detectado eventos de recombinaci贸n en el SARS-CoV-2 (1).

Concretamente, el furin site, est谩 constituido por los cuatro amino谩cidos “PRRA”, codificados por la inserci贸n de 12 nucle贸tidos (CCT CGG CGG GCA) en la regi贸n conservada y bisagra del centro de escisi贸n de las cadenas S1/S2 de la spike glycoprotein. A nivel de secuencia, el furin site se localiza 144 posiciones de amino谩cidos aguas abajo del RBD (Figura 3 ). Por otra parte, el furin site tambi茅s se encuentra en otros betacoronavirus de otros linajes, pero no del linaje B, en el cual se ha clasificado el SARS-CoV-2 (9). A modo de ejemplo, a continuaci贸n se muestra un fragmento de un m煤ltiple alineamiento de ecuencias de spike glycoprotein, de beta-coronavirus de otros linajes, que cubre la regi贸n del furin site (indicados en amarillo).

La presencia de un doblete de arginina es una caracter铆stica estructural del sitio de uni贸n a la furina (10):

Como idea fundamental, el furin site es responsable de la alta infectividad y transmisibilidad de la COVID-19 (11). La interacci贸n con la furina mejora la fusi贸n c茅lula-c茅lula y media la fusi贸n de la membrana. Tambi茅n est谩 involucrada en otras enfermedades infecciosas y el c谩ncer (12), ahora, ee la clave de la COVID-19. Es a trav茅s de este sitio que el SARS-CoV-2 se ha optimizado realmente para unirse al receptor humano ACE2 e ingresar a las c茅lulas humanas (13). El origen del furin site en el SARS-CoV-2 es desconcertante.

驴Existe alg煤n animal hu茅sped intermedio?

Inicialmente, se consider贸 que los pangolines eran el hu茅sped intermedio (14). Sin embargo, en base a los presentes resultados y los descritos en la literatura, los an谩lisis moleculares y filogen茅ticos no apoyan que el SARS-CoV-2 surgiera directamente de coronavirus de pangol铆n (15). Recientemente, C.M. Freuling et al., 2020 (16) tambi茅n plantean la hip贸tesis de que los perros mapache (Nyctereutes procyonoides) podr铆an haber sido hu茅spedes intermediarios del SARS-CoV-2, pero solo muestran que estos animales son susceptibles al coronavirus (16). Es un caso de zoonosis, donde probablemente el SARS-CoV-2 salt贸 entre humanos y animales no humanos. Otro caso de zoonosis ha sido el de Dinamarca que ha matado a 17 millones de visones para frenar una nueva variante del coronavirus que ha saltado a los humanos.

Entonces, a pesar de que el contacto directo entre humanos y murci茅lagos es limitado, y generalmente una especie intermedia a menudo est谩 implicada en la transmisi贸n de un virus emergentes de murci茅lagos a humanos (17), hasta la fecha, no es el caso en el SARS-CoV-2. O al menos, no se ha descubierto ning煤n hu茅sped intermedio.

Interfaz entre biolog铆a y l贸gica

Los principios b谩sicos de la biolog铆a tambi茅n se cumplen en el mundo de los virus. De la Teor铆a Celular de Rudolf Virchow (1858), Omnis cellula ex cellula (cada c茅lula deriva de otra c茅lula preexistente), podr铆a inferirse como “cada virus deriva de un virus preexistente”. La selecci贸n natural de Charles Darwin (1859) sobre mutaciones y la lucha por la existencia es totalmente aplicable a los virus. El principio de Theodosius Dobzhansky (1973) “Nada en biolog铆a tiene sentido excepto a la luz de la evoluci贸n” (18) adquiere relevancia en el caso del origen del SARS-CoV-2. A partir de la informaci贸n actual disponible en las bases de datos, es dif铆cil encajar dicho origen en un modelo evolutivo racional.

La clasificaci贸n taxon贸mica del SARS2-CoV-2 tambi茅n es confusa. Para abordar este punto, hemos considerado un criterio de gen茅tica forense, que se basa en una relaci贸n de probabilidades (likelihood ratio, LR), y tiene validez en un juicio. El LR es un par谩metro que compara dos probabilidades de encontrar un mismo genotipo o marcadores gen茅ticos de una evidencia, en dos personas distintas. El 鈥淟R鈥 se utiliza habitualmente para expresar los resultados de una prueba de ADN. Cuando un juez dicta sentencia sobre la culpabilidad de un sospechoso, basada en una prueba de ADN, requiere que la probabilidad de que el ADN de la evidencia sea del sospechoso, debe ser mucho mayor (billones superior, > 1012) que la probabilidad de que el mismo ADN sea de una persona aleatorio de la poblaci贸n a la que pertenece el sospechoso. As铆, en gen茅tica forense, para que el LR sirvan de testigo de cargo, debe ser enormemente alto.

En el caso de la clasificaci贸n taxon贸mica del SARS2-CoV-2, hay una duda razonable de que pertenezca al grupo taxon贸mico, al cual se ha clasificado (linaje B del beta-coronavirus. Debido a la presencia del furin site,un LR es 鈥渋nfinito鈥. Esto es, la relaci贸n entre la probabilidad (P1) de que dada la secuencia actual del genoma del SARS-CoV-2, pertenezca a SARS-CoV-2, obviamente, es 1; y la probabilidad (P2) de que dada la misma secuencia del genoma del SARS-CoV-2, pertenezca a otro coronavirus de su grupo taxon贸mico, por el momento es 0 (porque el furin site solo se ha encontrado en el SARS-CoV-2). Entonces ese LR que compara las dos probabilidades P1 y P2 es 鈥渋nfinito鈥 (LR = P1 / P2 = 1/0 = infinito). Esto es una forma probabil铆stica de mostrar la dificultad de asociar el SARS-CoV-2 con el linaje B de los beta-coronavirus. En este sentido, Z.-L. Shi et al., 2020 (1), (sin tener en cuenta el furin site), tambi茅n apuntaron esta duda. Literalmente de (1): El an谩lisis filogen茅tico del genoma completo y las secuencias de genes de RdRp y spike (S) mostr贸 que, para todas las secuencias, RaTG13 es el pariente m谩s cercano de 2019-nCoV (SARS-CoV-2) y forman un linaje distinto de otros SARSr-CoVs.

Dado que BatCoV-RaTG13 se considera el origen probable del SARS-CoV-2 (1), es sorprendente que despu茅s de casi un a帽o de la pandemia de la COVID-19, no se hayan aislado m谩s coronavirus de murci茅lago de la especie BatCoV-RaTG13. El murci茅lago es el reservorio natural de virus m谩s estudiado. Por otro lado, los coronavirus de murci茅lago podr铆an aislarse de muestras fecales (隆no ser铆a necesario un hisopo nasal de murci茅lago!). Una vez aislados, sus genomas completos se introducen en la base de datos GenBank.

Actualmente solo hay un genoma disponible de BatCoV-RaTG13 en GenBank (el referenciado, MN996532.1). Se requieren m谩s genomas de BatCoV-RaTG13 para validar estad铆sticamente el 96,2% de identidad con el genoma de SARS-CoV-2. todav铆a queda un 3,8% de diferencia entre ambos, lo que puede ser clave para explicar la presencia del furin site en la spike glycoprotein del SARS-CoV-2. Por el contrario, actualmente hay miles de genomas completos disponibles de SARS-CoV-2 en GenBank.

En la evoluci贸n biol贸gica siempre hay “eslabones perdidos”, en algunos casos, partir de descubrimientos de nuevos restos f贸siles se pueden resolver. En el mundo de los virus no hay restos f贸siles, pero los 鈥渆slabones perdidos鈥 se pueden solucionar mediante el descubrimiento de nuevos virus. La presencia del furin site en el SARS-CoV-2 (en la parte m谩s conservada de la prote铆na, y lejos de la regi贸n m谩s variable) es se帽al de un “eslab贸n perdido” en nuestro conocimiento de su proceso evolutivo, y en definitiva de su origen. Este eslab贸n perdido tambi茅n pone en duda que el BatCoV-RaTG13 sea el progenitor directo del SARS-CoV-2.

Como sucede en gen茅tica forense, que tambi茅n se aplica en el mundo de los virus, cuando un marcador gen茅tico falla en una prueba de ADN, es suficiente para descartar una culpabilidad. Por lo tanto, existe una duda razonable sobre el origen del SARS-CoV-2, lo cual pode ser “un nuevo paradigma para la virolog铆a”. La disponibilidad de nuevos genomas BatCoV-RaTG13 es esencial para poder abrir perspectivas. De lo contrario, el origen del SARS-CoV-2 es un lado oscuro de la COVID-19. La duda puede hacer pensar que el SARS-CoV-2 sea un producto de laboratorio o un virus manipulado a prop贸sito. La tecnolog铆a necesaria para ello est谩 disponible. Para fines cient铆ficos y m茅dicos, existen varios constructos sint茅ticos del genoma del SARS-CoV-2 en GenBank (MT108784.1, MT461669.1, MT461671.1, MT461670.1). Con fines terap茅uticos, en 2008 se cre贸 un coronavirus recombinante sint茅tico similar al SARS de murci茅lago, que result贸 infeccioso en c茅lulas cultivadas y en ratones (19). En este sentido, el debate debe continuar (20).

Como motivo de esperanza, por razones de probabilidad, y debido al mecanismo de “ensayo-error” de la evoluci贸n biol贸gica, hay que pensar que un virus humano como el SARS-CoV-2, no volver谩 a surgir de la Madre Naturaleza por mucho, mucho tiempo (a nadie le toca el Gordo de la Loter铆a dos veces). Finalmente, hay que esperar una pr贸xima vacuna y/o medicamentos efectivos para la COVID-19.

Antoni Romeu y Enric Oll茅
Departamento de Bioqu铆mica y Biotecnolog铆a, Universidad Rovira i Virgili, E-43007 Tarragona, Espa帽a.
1: Catedr谩tico de Bioqu铆mica y Biolog铆a Molecular.
2: Profesor asociado.

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Agradecimientos
Este trabajo no ha recibido subvenciones de ninguna instituci贸n de apoyo a la investigaci贸n.
Declaraci贸n de conflicto de intereses
Los autores declaran no tener ning煤n conflicto de intereses.

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Figura 1. 脕rbol filogen茅tico de una muestra de coronavirus basado en secuencias de genomas completos

脕rbol filogen茅tico basado en un alineamiento m煤ltiple de una selecci贸n de genomas completos de coronavirus. La muestra incluye el BatCoV-RaTG13, los coronavirus de pangol铆n disponibles, una selecci贸n de coronavirus de murci茅lago extra铆dos de la literatura (1,14,21) y dos genomas del SARS-CoV-2 como representantes del grupo taxon贸mico: NCBI, Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (taxid:2697049). El 谩rbol filogen茅tico se construy贸 utilizando el m茅todo Neighbor Joining del software Clustal Omega (v.1.2.4) con par谩metros por defecto (22) y la herramienta iTol Interactive Tree Of Life (23). La consistencia de las agrupaciones se calcul贸 mediante bootstrap utilizando 1000 repeticiones. La barra de escala de 谩rbol representa la distancia evolutiva. El punto negro indica el ancestro com煤n del grupo de coronavirus relacionados con la COVID-19. El n煤mero de acceso de GenBank de los genomas completos y el coronavirus son los siguientes (en la misma disposici贸n que en el 谩rbol filogen茅tico): MT040333.1 a MT040336.1, coronavirus pangol铆n; MG772933.1 y MG772934.1, coronavirus de tipo murci茅lago SARS; MT121216.1 (aislado MP789) Coronavirus de pangol铆n; MN996532.1, BatCoV-RaTG13; MN996528.1 y MT159709.1, SARS-CoV-2; NC_014470.1, Coronavirus de murci茅lago BM48-31/BGR/2008; DQ022305.2, coronavirus HKU3-1 del SARS de murci茅lago; KF294457.1, coronavirus de tipo murci茅lago SARS; DQ412042.1, Bat SARS CoV Rf1/2004; NC_004718.3, coronavirus Tor2 del SARS; FJ588686.1, coronavirus del SARS Rs_672/2006; DQ071615.1, Bat SARS CoV Rp3/2004.

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Figura 2. 脕rbol filogen茅tico de una muestra coronavirus basado en secuencias de spike glycoprotein

脕rbol filogen茅tico basado en el multialineamiento de la regi贸n m谩s variable de la spike glycoprotein (desde el dominio N-terminal hasta el RBD). La muestra incluye las secuencias de los mismos coronavirus de la Figura 1, con el objetivo de comparar el comportamiento filogen茅tico, en funci贸n del tipo de seciencia. La posici贸n de RBD se bas贸 en (24). El 谩rbol filogen茅tico se construy贸 utilizando el m茅todo Neighbor Joining del software
Clustal Omega (v.1.2.4), con par谩metros por defecto (22) y la herramienta iTol Interactive Tree Of Life (23).

La consistencia de las agrupaciones se calcul贸 mediante bootstrap utilizando 1000 repeticiones. La barra de escala de 谩rbol representa la distancia evolutiva. El n煤mero de acceso de GenBank de la spike glycoprotein y el correspondiente coronavirus con los siguientes (en la misma disposici贸n que en el 谩rbol filogen茅tico): QIA48641.1, QIA48632.1, QIA48614.1, QIA48623.1, QIQ54048.1, coronavirus pangol铆n; QHR63300.2, coronavirus de murci茅lago RaTG13; QHR63260.2, QII57208.1, SARS-CoV-2; QIG55945.1, coronavirus de pangol铆n; AVP78031.1, AVP78042.1, coronavirus de tipo murci茅lago SARS; YP_009825051.1, coronavirus Tor2 del SARS; YP_003858584.1, Coronavirus de murci茅lago BM48-31/BGR/2008; ABD75323.1, Bat SARS CoV Rf1/2004; ACU31032.1, coronavirus del SARS Rs_672/2006; AAZ67052.1, Bat SARS CoV Rp3/2004; AID16716.1, coronavirus de tipo murci茅lago SARS; AAY88866.1, coronavirus HKU3-1 del SARS de murci茅lago.

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Figura 3. Multialneamiento de spike glycoprotein de una selecci贸n de coronavirus.

Alineamiento m煤ltiple de secuencia spike glycoprotein. Los grupos de las muestras seleccionadas son: (i) coronavirus del SARS humano (SARS-CoV) (longitud de 1255 amoniacidos); (ii) Bat-SL-CoV (1245); (iii) Pangolin-CoVs (1265-1269); (iv) SARS-CoV-2 (1273); y (v) BatCoV-RaTG13 (1269). Para visualizar mejor las caracter铆sticas de cada grupo, solo hay tres secuencias representativas de cada uno de ellos. El multialineamiento se construy贸 mediante el software Clustal Omega (v.1.2.4), con los par谩metros por defecto (22). Los amino谩cidos estrictamente conservados se indican con *, los espacios con -. La posici贸n de los amino谩cidos en cada secuencia est谩 indicada por los n煤meros a la derecha. Los espacios correspondientes a la delecci贸n y las tres inserciones caracter铆sticas de las secuencias relacionadas con COVID-19, el RBD y el sitio de escisi贸n de furina (furin site) del SARS-CoV-2 est谩n resaltados en amarillo. La banda de colores (gris-blanco) tiene por objeto resaltar las caracter铆sticas de secuencia de: SARS-CoV; Bat-SLCoV y Pangolin-CoV (MP789); otros Pangolin-CoV; SARS-CoV-2; y BatCoV-RaTG13. La posici贸n de RBD se bas贸 en (24). La figura solo se muestra hasta el furin site. Hasta el extremo C-terminal de la prote铆na, la mayor铆a de las posiciones eran estrictamente conservadas. El n煤mero de acceso de GenBank de las secuencias de spike glycoprotein y los respectivos coronavirus son los siguientes: ADC35483.1, coronavirus del SARS HKU-39849; sp | P59594 | (UNIPROT SPIKE_CVHSA); AAR07630.1, coronavirus BJ302 del SARS; AVP78031.1, Bat-SL-CoV ZC45; AVP78042.1, Bat-SL-CoV ZXC21; QIG55945.1, PangolinCoV, MP789; QIQ54048.1, Pang-CoV, GX-P2V; QIA48614.1, Pang-CoV, GX-P4L; QIA48623.1, Pang-CoV, GX-P1E; QHR63260.2, SARS-CoV-2; QII57208.1 SARSCoV-2; QIA98554.1, SARS-CoV-2; QHR63300.2, BatCoV-RaTG13.




Autor font: Barcelona.indymedia.org